計算用構造データ

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有用なサイト

みやすい。構造のデータが標準化されたかたちで表示される。

結晶構造が確認できるが値はない。

単純な固体

ctrls.*を書くためのテンプレートになるファイル。修正が必要な場合も多いかも。%const以後に値や代数を書ける。 (以前のバージョン利用者へ:CONSTセクションと% constが入り混じっている。CONSTで定義した変数は括弧{}ではさむことなく、そのまま使えるが、よけいに混乱するので、CONSTセクションをなくしていきたい)。

sc

Po

Pm-3m(221)
X=0 0 0

tetra

In

I4/mmm(139)
X=0 0 0
% const a=? c=? ca=c/a
STRUC     ALAT=a
  PLAT= -1/2 1/2 {ca}/2
        1/2  -1/2 {ca}/2
        1/2  1/2  -{ca}/2
SITE      ATOM=In POS=0 0 0  

hcp

P6_3/mmc (194)
X=1/3,2/3 1/4
% const ang=0.529177
% const a=?  c=?  ca=c/a  dalat=0
STRUC
  ALAT={a}/{ang} PLAT=0 -1 0  sqrt(3)/2 1/2 0   0 0 {ca}
  DALAT={dalat}
SITE    ATOM=A POS=1/2  1/2/sqrt(3)  {ca}/4
        ATOM=A POS=-1/2  -1/2/sqrt(3)  -{ca}/4

訂正--Kino 16:58, 24 January 2011 (JST)

alpha La (hex.)

P6_3/mmc(194)
X=0 0 0
X= 1/3 2/3 1/4
% const a=3.77  ang=0.529177 c=12.159 dalat=0 ca=c/a
STRUC    DALAT={dalat} 
        ALAT={a}/{ang} 
          PLAT=sqrt(3)/2 -.50000000 0.00000000
               0 1 0 
               0.00000000 0.00000000 {ca}
SITE     
    ATOM=La POS=0 0 0
    ATOM=La POS=0 0 {ca}*0.5
    ATOM=La POS=1/2 -1/2/sqrt(3) {ca}/4
    ATOM=La POS=-1/2 1/2/sqrt(3)  -{ca}/4

fcc ,bcc

fcc Fm-3m X=0 0 0
bcc Im-3m X=0 0 0
STRUC
        ALAT=a PLAT=  .0 .5 .5  .5  .0 .5  .5 .5  .0 #fcc
        ALAT=a PLAT= -.5 .5 .5  .5 -.5 .5  .5 .5 -.5 #bcc
SITE    ATOM=A POS= 0 0 0

bct(?)

        ALAT=a PLAT= -.5  .5  {.5*cbct/abct}
                      .5 -.5  {.5*cbct/abct}
                      .5  .5 -{.5*cbct/abct}

ZincBlend structure

% const a=azb avw=(3*a^3/64/pi)^(1/3) tet=0 trig=0 wto=0 kl=0
#SYMGRP  R4Z*I MX*I    #for tetragonal deformation
#SYMGRP  R3D M(1,-1,0) #for trigonal deformation
STRUC    ALAT={a} DALAT={da} PLAT= 0 .5 .5    .5 0 .5    .5 .5 0
#         SHEAR=0 0 1 {tet}  #for tetragonal deformation
#         SHEAR=1 1 1 {trig} #for trigonal deformation
SITE    ATOM=C1  POS=  0+wto   0+wto   0+wto
        ATOM=A1  POS= .25-wto+kl .25-wto+kl .25-wto+kl

tetragonal、もしくはtrigonalな変形をする場合には、 SHEARのコメントを取って, tetをセットすること。lmchkできちんと変形されているかチェック。参照のためには、それらがゼロの時の計算も対称性固定で(SYMGRP findとせずに)行ったほうがいいかもしれない(が、おそらく不要)。 たとえばtetは0.96から1.04まで0.01きざみでやるとか。 フォノンモードのwtoは-0.004から0.004までやるとか。

CuPt structure

% const a=azb nk=6 ncell=2 y=0 y2=0 y3=0
SYMGRP  R3D M(1,-1,0) #maybe SYMGRP find works OK.
STRUC   ALAT={a} DALAT={da} PLAT=  1 .5 .5   .5 1 .5   .5 .5 1
SITE    ATOM=C1    POS=   0.00+{y}         0.00+{y}         0.00+{y}
        ATOM=A1    POS=   0.25+{y2}        0.25+{y2}        0.25+{y2}
        ATOM=B1    POS=   0.50+{y3}        0.50+{y3}        0.00+{y3}
        ATOM=A2    POS=   0.25-{y}-{y2}-{y3}  -0.25-{y}-{y2}-{y3}  -0.25-{y}-{y2}-{y3}

Wurzite structure

  • GaN case(要確認)
% const da=0 q=1.627 a=6.03024575 xwz=.006 y=1-xwz/2
SYMGRP  find                                                                 
STRUC   ALAT={a} DALAT={da}                                                                                   
        PLAT= 0           -1    0   
       sqrt(3)/2    1/2  0 
         0          0  {q}                       
SITE   ATOM=Ga  POS= 0           0   0*{q}                    
        ATOM=N   POS= 0           0   5/8*{y}*{q}                
        ATOM=Ga  POS= 1/sqrt(3)    0   1/2*{q}                  
        ATOM=N   POS= 1/sqrt(3)      5/8*{y}*{q}-{q}/2 0

補足

P6_3/mc(186)
Ga X=1/3 2/3 0.00000000  
N  X= 1/3 2/3 u
% const ang=0.529177
% const da=0  a=3.17 c=5.189 u=.377 ca=c/a
SYMGRP  find
STRUC   ALAT={a}/{ang} DALAT={da}
        PLAT=  sqrt(3)/2  -.5 0   0 1 0   0  0 {ca}
SITE   ATOM=Ga  POS=  1/3*sqrt(3)/2   -.5   0
        ATOM=Ga  POS=  -1/3*sqrt(3)/2  .5   {ca}*0.5
        ATOM=N   POS=  -1/3*sqrt(3)/2  .5   {ca}*({u}-0.5)
        ATOM=N   POS=  1/3*sqrt(3)/2   -.5  {ca}*{u}

Wurzite-like structure, but diff. cations and anions

The sample below is not a real material.

% const azb=10.0 awz=azb/sqrt(2) q=sqrt(8/3) x=0 xx=1-x/2 y=0 y2=0 y3=0
% const a=awz                                                          
SYMGRP  R3Z MY #find is OK?                                            
STRUC   ALAT={a}                                                       
        PLAT= 0 -1 0   sqrt(3)/2 1/2 0   0 0 {q}                       
SITE    ATOM=Ga  POS= 0              0   0*{q}+{y}                     
        ATOM=Al  POS= 0              0   5/8*{xx}*{q}+{y2}             
        ATOM=N   POS= 1/sqrt(3)      0   1/2*{q}+{y3}                  
        ATOM=P   POS= 1/sqrt(3)      0   5/8*{xx}*{q}-{q}/2-{y}-{y2}-{y3}

B19 structure

% const awz=azb/sqrt(2) q=sqrt(8/3)
% const a=awz nk=6 lfea=lf1 lfec=3
SYMGRP  MX R2Z:(0,0,q/2) #maybe find is OK
STRUC   ALAT={a}
        PLAT= 1 0 0   0 sr3*y3 0   0 0 q
SITE    ATOM=C1  POS=  1/2  sr3*y3*y/6     0
        ATOM=C1  POS=  1/2 -sr3*y3*y/6     q/2
        ATOM=A1  POS=  1/2  sr3*y3*y/6-y4  5/8*xx*q+y6
        ATOM=A1  POS=  1/2 -sr3*y3*y/6+y4  5/8*xx*q-q/2+y6
        ATOM=B1  POS=  0   -sr3*y3*y2/3    0
        ATOM=B1  POS=  0    sr3*y3*y2/3    q/2
        ATOM=A2  POS=  0   -sr3*y3*y2/3+y5 5/8*xx*q-y6
        ATOM=A2  POS=  0    sr3*y3*y2/3-y5 5/8*xx*q-q/2-y6
CONST   a={a} q={q} x=0 xx=1-x/2 sr3=sqrt(3)
        y=1 y2=1 y3=1 y4=0 y5=y4 y6=y4
#BZ      NKABC=nk nk nk2

BSnx structure

% const a=azb*.9 nk=6
STRUC  ALAT=a DALAT=da
       PLAT=   1 0 0   0 1 0    0 0 cbya
SYMGRP R2Z MX R2(-1,1,0)
SITE   ATOM=C1    POS=  0    0     0
       ATOM=C2    POS=  1/2  1/2   1/2*cbya
       ATOM=A1    POS=  0/2  1/2   1/4*cbya
       ATOM=A1    POS=  1/2  0/2   3/4*cbya
% const bzj={sx?0:1}
CONST  a={a} bzj={bzj} lf1={lf1} lf2=5 rw={ASA?1:.80} nk={nk}
       alatj=a cbya=3.175/5.819 nit={nit}

BSn structure

% const a=azb*.9 nk=6
STRUC  ALAT=a DALAT=da
       PLAT=   1 0 0   0 1 0    0 0 cbya
SYMGRP R2X:(0,.5,cbya/4) R2Y:(0,.5,cbya/4) R2(-1,1,0)
SITE   ATOM=C1    POS=  0    0     0
       ATOM=C1    POS=  0/2  1/2   1/4*cbya
       ATOM=C1    POS=  1/2  0/2   3/4*cbya
       ATOM=C1    POS=  1/2  1/2   1/2*cbya
CONST  a={a} bzj={bzj} 
       alatj=a cbya=3.175/5.819


Calcium Flourite (C1) structure Fm3m (#225), and antiflourite

% const a=azb nk=6 avw=(3*a^3/64/pi)^(1/3)
SYMGRP  find
STRUC   NBAS=3+{les?1:0} NCLASS=2+{les?1:0} NL={nl}
        ALAT=a DALAT=da PLAT= 0 .5 .5    .5 0 .5    .5 .5 0
#        SHEAR=0 0 1 {tet}
SITE    ATOM=C1  POS=  0       0       0
        ATOM=A1  POS= .25     .25     .25
        ATOM=A1  POS= .75     .75     .75
#SITE    ATOM=A1  POS=  0       0       0
#        ATOM=C1  POS= .25     .25     .25
#        ATOM=C1  POS= .75     .75     .75
CONST   a={a} da=0 bzj={bzj} avw={avw} q={q} nk={nk} nk2=nk nit={nit}
        alatj=a

C1_b (half Heusler) and L2_1 (full Heusler) structures

% const a=azb nk=6 avw=(3*a^3/64/pi)^(1/3)
SYMGRP  find
STRUC 
        ALAT=a DALAT=da PLAT= 0 .5 .5    .5 0 .5    .5 .5 0
#        SHEAR=0 0 1 {tet}

#C1_b
SITE    ATOM=C1  POS=  0       0       0    
        ATOM=A1  POS= .25     .25     .25
        ATOM=B1  POS= .75     .75     .75
        ATOM=EA1 POS= .50     .50     .50
#L2_1
#SITE    ATOM=C1  POS=  0       0       0    
#        ATOM=C1  POS= .50     .50     .50
#        ATOM=A1  POS= .75     .75     .75
#        ATOM=B1  POS= .25     .25     .25
CONST   a={a} da=0 bzj={bzj} avw={avw} q={q} nk={nk} nk2=nk nit={nit}
        alatj=a

Cuprite structure Pn-3m (#224)

% const nk=6 avw=a/pi^(1/3)/2
SYMGRP  find
STRUC ALAT=a DALAT=da PLAT=1 0 0   0 1 0   0 0 1
#        SHEAR=0 0 1 {tet}
SITE                   
        ATOM=C1   POS=  0.00    0.00    0.00
        ATOM=C1   POS=  0.00    0.50    0.50
        ATOM=C1   POS=  0.50    0.00    0.50
        ATOM=C1   POS=  0.50    0.50    0.00
        ATOM=A1   POS=  0.25    0.25    0.25
        ATOM=A1   POS= -0.25   -0.25   -0.25
=== DO22 structure ===
% const a=azb*.9 nk=6
#BZ     NKABC=nk nk nk BZJOB=0 0 0 1 NKABC2=1 BZJOB2=0 0 0 1
#       TETRA={metal} METAL={metal} DOS=-1.5 0.5 EF0={ef0} DELEF=.1
SYMGRP R2X R2Y M(-1,1,0)
STRUC  ALAT=a DALAT=da
       PLAT=   1 0 0   0 1 0    .5 .5 1
SITE   ATOM=C1    POS=  .00   .00   .00
       ATOM=A1    POS=  .25   .25   .25+y
       ATOM=B1    POS=  .50   .00   .50
       ATOM=A1    POS=  .25  -.25  -.25-y
       ATOM=B1    POS=  .50   .00  -.50
       ATOM=A1    POS= -.25   .25  -.25-y
       ATOM=C2    POS=  .50   .50   .00
       ATOM=A1    POS= -.25  -.25   .25+y

CsCl-A3B structure

% const a=azb/4^(1/3) nk=6
SYMGRP  R3D I
STRUC   ALAT=a
        PLAT=1 1 -1   1 -1 1   -1 1 1
SITE    ATOM=C1 POS=  1   0   0
        ATOM=C1 POS=  0   1   0
        ATOM=C1 POS=  0   0   1
        ATOM=B1 POS=  0   0   0
        ATOM=A1 POS=  1+1/2   0+1/2   0+1/2
        ATOM=A1 POS=  0+1/2   1+1/2   0+1/2
        ATOM=A1 POS=  0+1/2   0+1/2   1+1/2
        ATOM=A2 POS=  0+1/2   0+1/2   0+1/2

CsCl-AB3

SYMGRP  R3D I
STRUC   ALAT=a
        PLAT=1 1 -1   1 -1 1   -1 1 1
SITE    ATOM=B1 POS=  1   0   0
        ATOM=B1 POS=  0   1   0
        ATOM=B1 POS=  0   0   1
        ATOM=C1 POS=  0   0   0
        ATOM=A1 POS=  1+1/2   0+1/2   0+1/2
        ATOM=A1 POS=  0+1/2   1+1/2   0+1/2
        ATOM=A1 POS=  0+1/2   0+1/2   1+1/2
        ATOM=A2 POS=  0+1/2   0+1/2   0+1/2

CsCl structure

% const a=azb/4^(1/3) nk=6
SYMGRP  R4Z*I MX*I R3D
STRUC   ALAT=a
        PLAT= 1 0 0   0 1 0   0 0 1
SITE    ATOM=C1 POS=  0   0   0
        ATOM=A1 POS= 1/2 1/2  1/2

NaCl structure

% const a=foobar
SYMGRP  find
STRUC   ALAT=a DALAT=da PLAT= 0 .5 .5  .5 0 .5  .5 .5 0
SITE    ATOM=C1  POS=  0   0    0
        ATOM=A1  POS= 1/2  1/2  1/2

NiAs structure

% const awz=azb/sqrt(2)
% const a=awz nk=6 lfea=lf1 lfec=3 avw=(4*(awz*sqrt(2))^3*q/sqrt(8/3)/64/pi)^(1/3)
#SYMGRP  R4Z*I MX*I R3D
STRUC   NBAS={les?6:4} NCLASS={les?3:2} NL={nl} ALAT=a
        ALAT={a} DALAT=da PLAT= 0.75^0.5  -0.5  0  0  1  0  0  0  {q}
SITE    ATOM=C1  POS=  0.000000   0.0   0.0
        ATOM=C1  POS=  0.000000   0.0   {q}/2
        ATOM=A1  POS=  1/12^0.5  -1/2   {q}/4
        ATOM=A1  POS= -1/12^0.5   1/2  -{q}/4
        ATOM=EA1 POS= -1/12^0.5   1/2   {q}/4
        ATOM=EA1 POS=  1/12^0.5  -1/2  -{q}/4

CuAu structure

% const a=azb nk=6
SYMGRP  R2Z M(1,1,0)
STRUC   NBAS=8/{les?1:2} NCLASS=8/{les?1:2} NL={nl} ALAT=a
        PLAT= .5 .5 0   0 0 1   .5 -.5 0
SITE    ATOM=C1  POS=  0.00 .00 .00
        ATOM=A1  POS=  0.25 .25 .25+y
        ATOM=B1  POS=  0.50 .00 .50
        ATOM=A2  POS=  0.75 .25 .75-y
        ATOM=EA1 POS=  0.50 .50 .50
        ATOM=EC1 POS=  0.75 .75 .75-y
        ATOM=EA2 POS=  1.00 .50 .00
        ATOM=EB1 POS=  1.25 .75 .25+y
CONST   a={a} bzj={bzj} lf1={lf1} lf2=lf1 lmxa=lf1 lmxae=lf2
        rw={ASA?1:(LMF?.9:.85)} rwc=rw rwb=rw rwa=(rwc+rwb)/2 rwe=rwa nk={nk}
        alatj=a nit={nit} y=0

tetradymite structure R-3m (No 166)

SYMGRP  find
STRUC  
  ALAT={a} DALAT=da PLAT=1 0 {q}  -0.5 sqrt(3)/2 {q}  -0.5 -sqrt(3)/2 {q}
SITE
  ATOM=B1  POS=  0.0000000   0.0000000   0.00000
  ATOM=C1  POS= -0.5000000  -0.8660254   {zTe*q}
  ATOM=C1  POS=  0.5000000   0.8660254  -{zTe*q}
  ATOM=A1  POS=  0.5000000   0.8660254   {zBi*q}
  ATOM=A1  POS= -0.5000000  -0.8660254  -{zBi*q}


Delafossite? structure R-3m (No 166)

# This data is for CuAlO2
% const a=2.8604/sqrt(3)/.52918 c=16.953/.52918 q=c/a/3 zo=.10979 
% const nk=4
SYMGRP  find
STRUC   ALAT={a}  PLAT= 1  0  {q}  -0.5 {sqrt(3/4)} {q}  -0.5 -{sqrt(3/4)} {q}
#       ROT=(0,0,1)pi/12,(1,-1,0)acos(1/sqrt(3))
SITE 
       ATOM=C1         POS=  0   0   0
       ATOM=B1         POS=  0   0  -{3*q/2}
       ATOM=A1         POS=  0   0   {3*zo*q}
       ATOM=A1         POS=  0   0  -{3*zo*q}

Other info

  • General trigonal structure -3m (AKA Gamma_rh or D3d)
PLAT= 1  0  {q}  -0.5 {sqrt(3)/2} {q}  -0.5 -{sqrt(3)/2} {q}

SQS4 structure

% const a=azb ncell=1 nk=6
SYMGRP  M(-1,1,0)
STRUC   NBAS={les?16:8} NSPEC={les?6:3} NL={nl} ALAT=a
        PLAT= -.5 .5 0   0 0 1    1 1 0
SITE    ATOM=C1  POS= -1/8    -1/8    0/8
        ATOM=C1  POS= -1/8     3/8    4/8
        ATOM=B1  POS=  3/8     3/8    0/8
        ATOM=B1  POS= -5/8    -1/8    4/8
        ATOM=A1  POS=  1/8     1/8    2/8
        ATOM=A1  POS= -3/8     1/8    6/8
        ATOM=A1  POS= -3/8    -3/8    2/8
        ATOM=A1  POS=  1/8     5/8    6/8

SQS8 structure

% const a=azb nk=4
SYMGRP  M(-1,1,0)
STRUC   NBAS=32/{les?1:2} NCLASS=32/{les?1:2} NL={nl} ALAT=a
        PLAT= 1 1/2 -1/2    1/2 -1/2 0   1 1 2
SITE    ATOM=C1  POS=0       0       0
        ATOM=C2  POS=1/2     1/2     0
        ATOM=C3  POS=1/2     0       3/2
        ATOM=C4  POS=0       0       2
        ATOM=B1  POS=1/2     0       1/2
        ATOM=B2  POS=0       0       1
        ATOM=B3  POS=1/2     1/2     1
        ATOM=B4  POS=1/2     1/2     2
        ATOM=A1  POS=1/4     1/4     1/4
        ATOM=A2  POS=3/4     3/4     1/4
        ATOM=A3  POS=3/4     1/4     3/4
        ATOM=A4  POS=1/4     1/4     5/4
        ATOM=A5  POS=3/4     3/4     5/4
        ATOM=A6  POS=3/4     1/4     7/4
        ATOM=A7  POS=1/4     1/4     9/4
        ATOM=A8  POS=3/4     3/4     9/4
CONST   a={a} bzj={bzj} lf1={lf1} lf2=lf1 lmxa=lf1 lmxae=lf2
        rw={ASA?1:(LMF?.9:.85)} rwe=rw nk={nk}
        alatj=a nit={nit}
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