Install XtalEdit

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http://pmt.sakura.ne.jp/XtalEdit/XtalEdit091d.tar.gz は、numpy-1.3.0.tar.gzとPython-2.5.4.tgzに整合するようにすこしなおしをしたもの。


Contents

install for Linux

Jun7-2009. Added Okuno's patch for Vasp_export.py

(1)javaをインストールする。

(2)XtalEditという名前のディレクトリを作ってそのディレクトリに移る.

(3)以下のスクリプトをファイルにいれて、proxyの設定をしてwgetがファイルをとれることを確認してから、そのファイルを実行。 そのディレクトリに Python-2.5.4とnumpy-1.3.0がインストールされた後 XtalEditもインストールされる。この過程で一番時間がかかるのはPython-2.5.4のwgetだと思う。 そうすると、./XtalEditで実行できる。

#!/bin/csh

setenv xroot $PWD
echo $xroot

#### Install Python (and Numerical Python) to XtalEdit/Python/python ###
#wget http://easynews.dl.sourceforge.net/sourceforge/numpy/Numeric-22.0.tar.gz
wget http://superb-west.dl.sourceforge.net/sourceforge/numpy/numpy-1.3.0.tar.gz
wget http://www.python.org/ftp/python/2.5.4/Python-2.5.4.tgz
tar zxvf numpy-1.3.0.tar.gz
tar xfz  Python-2.5.4.tgz
cd Python-2.5.4
./configure --prefix=$xroot/Python
make 
make install

setenv PYTHONHOME $xroot/Python # This is necessary.
cd $xroot/numpy-1.3.0
$xroot/Python/bin/python setup.py install

### Install XtalEdit
xtal:

cd $xroot
wget http://pmt.sakura.ne.jp/XtalEdit/XtalEdit091d.tar.gz
tar zxvf XtalEdit091d.tar.gz
mv XtalEdit/* .
rm -rf XtalEdit

### make script XtalEdit
cat <<EOF >XtalEdit
#!/bin/csh
setenv PATH "$xroot/Python/bin/:\${PATH}"
echo \$PATH
setenv  PYTHONHOME $xroot/Python  # This is necessary.
#xxx/j2re1.4.2_01/bin/java -cp ./classes XtalEdit
java -jar ./XtalEdit.jar
EOF
chmod +x XtalEdit

#patch on Jun7-2009. Okuno(Fuji film co.) sended me his new Vasp_export.py.
wget http://pmt.sakura.ne.jp/XtalEdit/Vasp_export.py
mv Vasp_export.py UserModule/Vasp/

echo " OK! end of installation of XtalEdit (Python + Numerical Python in addition)"
echo "  You have to install jave from http://java.sum.com/j2se/1.4.2/download.html"
echo "  Then set java path in the script XtalEdit and Run XtalEdit!"

Windows

0. 最初に、[http://pmt.sakura.ne.jp/XtalEdit/XtalEdit091d.tar.gz]をダウンロードする。

1. javaのインストール。Install Jave runtime environment (JRE). Java1.4.1 or Higher.You can do it easily through java.sun.com.

2. Python-2.5.4のインストール。 http://www.python.org/download/releases/2.5.4/

3. numpy.1.3.0をその上にインストールする。 http://pypi.python.org/pypi/numpy/1.3.0

4.pythonのパスを環境変数に加える。'control-panel'-'system properties'-'environmental variable'-path

5. 適当なディレクトリでXtalEdit091c.tar.gzを展開する。するとXtalEditというディレクトリができる。そこへ移って./XtalEdit.batをクリックする。

MacOSその他

  • cystoolのバイナリをつくる必要がある(Generatorをつくるためのもの)。それで、

UserModule/Generator/Generator/でMakefileをeditして、csymをつくること。これを UserModule/Generator/におく。

  • rasmolの実行形式を、自分でUserModule/Rasmol/rasmolとしておいておく。

(だがXtalEdit91cではMac用のrasmolがパッケージに入ってる。たぶん、Macだと起動時に自動判別できるようにしたつもり;OSの自動判定をできるように)。

Trouble shooting

  • check1. GUIが起動するかどうか?GUI is not invoked --->java is not working. Check path to java!
  • check2. Pythonが動いてるかどうか?Try "print 1+2" in EditWindow and push RunPython. Then do you have "2" in ResultWindow? If you don't, it means python is not recognized by XtalEdit. ---> Check path to python!
  • ボタンを押したとき、ResultWindowもしくは、コンソール出力になんか変なメッセージはでてないか?
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