Tutorial for XtalEdit

From Ecal

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まず起動の確認をかねて。

1.FileメニューのOpenでLaMnO3_FullDistortion.csy1を読み込む。左側のEditWindowに読み込まれる。
2.で、Rasmolボタンをおす。すると結晶が描画される。
3.LMF-exportボタンをおす。すると、lmfタイプの出力が右側に表示される。その他、AkaiKKRなどについても同様。
4.空間群の生成元(Generator)の書いてある
  <GEN>
  i r2z::(1/2,0,1/2) r2y::(0,-1/2,0)
  </GEN>
 セクションを消す。で、Generator-mode0をおす.すると、このセクションがEditWindowに復活する。
すなわち、このgeneratorが、原子位置と基本格子ベクトルから計算されたことになる。
5.上の<GEN>セクションのある状態で、O2のうち何個かを消してから、Generator-mode0をおす。
すると、<GEN>セクションに対応して、必要なO2がEditWindowに書き加えられる。

6.lmfのctrlファイルを(それの結晶構造を)importするには、ctrlファイル(の結晶構造部分)を
  EditWindowに書く。その状態でLMF-importを押す.AkaiKKRなどについても同様.
  注意点:1/2はまずい;1/2.0もしくは1.0/2としないといけない。それでないと整数どうしの割り算で
ゼロになってしまう。

http://sham.phys.sci.osaka-u.ac.jp/~kkr/XtalEdit/indexuse.htm#Basicも読んでおく。


その次は、XtalEditで,ペロフスカイトのインプットLaMnO3_FullDistortion.csyを自分でゼロからつくってみる. まずは,Sample Tspaceの62番を選ぶところからはじめる;File-OpenでTSPACEディレクトリをあけたあと、TSpg062Ch1.csy1 をえらぶ。この空間群のワイコフ位置などが示される。LaMnO3_FullDistortionの基本データは 以下のとおりである。

# SpaceGroupNo= 062
#a=5.742, b=7.668, c=5.532 Angstrom
#    Wyckoff  x/a   y/b  z/c
# La  4c    0.549   1/4  0.010
# Mn  4a    0       0    0
# O1  4c   -0.014  1/4  -0.070
# O2  8d  0.309   0.039  0.224

(http://kotliar6.rutgers.edu/udo/prof/projects/lda/tutorial/tut_01.htmを参考にした)。 XtalEditのcsy1ファイルは,プログラムです(上から下に読む)ので, プログラムとして読んで結晶が定義されてたらいい. csy1において#より右側はコメントであることに注意。http://cst-www.nrl.navy.mil/lattice/ も有力な参考になる.

  1.a,b,cを代入.ファイル冒頭でBohr_R=0.529177が定義されていれば、
   原子単位系a.u.への変換は,a=5.742/Bohr_Rなどとすればよい.
    (Bohr_Rはユーザー定義でありつかわないならなくてもかまわない)
  2. この上のデータにあわせて,4c,4a,4c,8dのブロックに並べて、それぞれの4c,4a,4c,8d
     の変わりに、La,Mn,O1,O2という名前におきかえる。必要なx,y,zを代入.
  3. これでできあがり。

  4. ChkTypeをおす.Typeが書き加えられる。    これは適当な推定で書き加えてるので必要があれば修正.

   (もしさらに押すと,RWSを追記するがAkaiKKRにはとりあえず不要).

  5.GeneratorをGenerator-mode0で生成してみる。

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